Katolikus egyház 

A katolikusokat illetően Harkányban hosszú időn keresztül a máriagyűdi ferences rendház papjai látták el a lelkipásztori teendőket. Harkánynak nem volt katolikus iskolája, sem temploma, a gyerekek a siklósi katolikus iskolában tanulhattak. 

A 19. században a község egyre növekvő katolikus lakossága és a gyógyfürdőbe látogató katolikus vallású vendégek magas száma tette szükségessé templom építését. 
Ennek eredményeként 1906-ban felépült a katolikus kápolna, lehetővé téve a római katolikusoknak vallásuk gyakorlását, illetve szentmisék látogatását. A kápolnát még ugyanebben az évben Jézus Szentsége Szíve tiszteletére szentelték fel.

A szerzetesrendek feloszlatása után a római katolikus hívek lelki gondozását a mindenkori máriagyűdi plébános látta el, mégpedig 1953-1975 között Windheim Jakab, 1975-től 1990-ig Hopp Ferenc.

Harkány lélekszámának növekedésével az 1980-as évek közepére a településen a római katolikusok száma 2000 fő fölé emelkedett. Emellett az idegenforgalom is nőtt. Ezek a tények szükségessé tették a mintegy 100 ember befogadására alkalmas római katolikus kápolna megnagyobbítását.

Az építkezés Holczer József tervei alapján, Hopp Ferenc máriagyűdi plébános irányításával 1985-ben vette kezdetét. Az 1906-ban felszentelt kápolna neoromán és neogótikus stílusban épült, míg az új templom a modern kor jegyeit viseli magán.

A felújított, alapterületét tekintve hatszorosára növekedett templom felszentelésére 1988. október 22-én több ezer hívő jelenlétével került sor. 1990-től Harkány önálló római katolikus plébánia a Pécsi Egyházmegyében. 

Református egyház

Baranya népe, s így Harkány a 16. század második felében Sztárai Mihály tanítása nyomán csatlakozott a reformációhoz. Ennek pontos idejét a források tanúsága szerint nem ismerjük: "Nem tudhatjuk semmi ideit vagy kezdetit Eklézsiánk állapotjának, hanem csak a török idejétől fogva…" Ugyancsak az egyházi források szerint a harkányi reformátusok az akkor külön álló, ma a városrésznek tekinthető Terehegyről hozták a papot, mivel Harkány szegényebb lakossága nem tudott önállóan lelkészt tartani. A vallás gyakorlását a gyülekezet által épített fatemplomban végezték, s azt is tudjuk, hogy az 1600-as években már megkezdődött az oktatás is, mely nyilván az oratóriumban, imaházban folyt. 

A 18. századi felülről irányított erős katolizálás idején nehéz harcot folytattak a reformátusok templomaik megtartásáért, mivel a katolikus ellenreformáció tiltások egész sorát vezette be a protestantizmus ellehetetlenítésére. Az is előfordult, hogy a vármegye tisztviselői egyszerűen közölték a templomot le kell bontani, mondván nem jó helyre épült. Ezért is voltak jók a fatemplomok, mert bármikor szét lehetett őket szedni, és másutt újból felépíteni. 

A tiltások ellenére 1761-ben Járdánházi Sámuel tanító, prédikátor vezetésével mégis új templomot építenek vályogból, majd II. József Türelmi Rendelete lehetővé tette kő-és téglafalu templomok építését.

Ennek köszönhetően Terehegyen a falu népe összefogásával 1798-ban építettek új kőtemplomot, melyhez egy 18. századi orgonát is hozattak Pécsváradról. A terehegyi református templom barokk orgonája páratlan egész Európában. Az orgonát, mely 1797-ben készült felújították, s 1988-ban ünnepélyes keretek között avatták fel Kosaras Dezső debreceni orgonaművész közreműködésével. 

Harkány 1798-ban kezdte református kőtemploma építését. A hívek itt is adományaikkal, pénzgyűjtéssel járultak hozzá a költségekhez. A templom 1802-ben készült el, tornya barokk, keresztelő és úrvacsoraedényei 1820-ból és1833-ból valók. A ma is eredeti szépségükben látható templomok falaikon kívül lelki örökséget is hagytak ránk, amit elherdálni balgaság lenne.